Langkah disinfektir kandang, pertama yang harus dilakukan adalah membuang semua kotoran dan sekaligus membawa keluar semua perlatan. Kotoran tersebut dibawa langsung ke tempat penampungan atau biasanya di bawa ke sawah atau lading untuk dijadikan pupuk tanaman.

Langkah kedua adalah membersihkan kandang dengan skop, skrap, sapu, guna mengorek semua kotoran yang sudah mongering, sebab ada kotoran yang tak tertembus oleh desinfektan. Pada saat itu juga bisa dilakukan perbaikan-perbaikan terhadap peralatan kandang yang sekiranya diperlukan. Selanjutnya kandang tersebut dibersihkan dengan air. Dan setelah kandang itu bersih, dinding-dindingnya perlu di kapur. Biasanya ini pada kandang kuthukan atau DOC

Langkah terakhir adalah mendesinfektir semua kandang dan peralatan yang sudah dibersihkan dengan air dan dalam keadaan kering, sehingga kandang menjadi seperti kandang yang baru dan siap pakai kembali. Bila memungkinkan dan tidak sangat mendesak, 2-3 minggu kemudian setelah kandang dikosongkan barulah bisa ditempati kembali oleh ayam-ayam yang baru.

Penggunaan desinfektan yang baik dengan car disemprotkan bahan-bahan kimia yang sesuai dengan sasarannya. Sesuai dengan penggunaan desinfektan ini yang perlu diketahui oleh peternak adalah tidaklah semua desinfektan itu dapat dipergunakan untuk keperluan di dalam membasmi jasad renik(mikro organisme). Oleh karena itu suatu kesalahan didalam memilih bahan kimia sebagai desinfektan yang tak tepat akan menjadi sebuah pemborosan belaka. Program higienisasi yang baik adalah kalau peternak betul-betul bisa memilih bahan-bahan yang tepat.